Variants en Afrique : les séquençages manquent

Publié le jeudi 8 juillet 2021 | Jeune Afrique

© aLome.com par Edem Gadegbeku & Jacques Tchakou
Institut National d’Hygiène: test gratuit de l’électrophorèse de l’hémoglobine au profit des jeunes de 15 à 30 ans, à la faveur des 50 ans de cet Institut
Lomé, le 14 juin 2018. Institut National d’Hygiène. Journées portes ouvertes à l’INH, à l’occasion des 50 ans d’existence de cet Institut. L’une des activités phares de ces JPO consiste à dépister gratuitement les jeunes de 15 à 30 ans en matière de drépanocytose. Cette campagne a pour but de permettre à ces jeunes de connaître leur statut hémoglobinique. Si jusqu’à nos jours, il n’existe pas encore un traitement adéquat contre ce mal, il est quand même possible aux drépanocytaires togolais de se faire suivre dans deux Centres, à savoir le CHU campus et le CHU Sylvanus OLYMPIO.

Malgré la propagation des variants du Covid-19 en Afrique, les moyens ne sont pas suffisants pour les séquencer. En attendant des fonds et des vaccins, l’OMS met en oeuvre des trésors de logistique pour faire face aux nouvelles vagues de la pandémie.

La propagation de variants du Covid-19 identifiée dans plusieurs régions d’Afrique inquiète. Pourtant leur séquençage (soit le découpage génétique des virus prélevés pour identifier leurs caractéristiques), qui permettrait de les distinguer les uns des autres, est encore trop rarement réalisé : l’Afrique ne compterait à ce jour que 1 % des opérations mondiales d’identification de variants.

Outre le mondialement connu Beta – désigné sous l’appellation moins politiquement correcte de «variant sud-africain» –, des variants plus confidentiels sont placés sous la loupe des scientifiques comme l’Eta (identifié au Nigeria) ou le A.33.1 (en Ouganda).
Et il faut du temps pour analyser leur fonctionnement et leur degré de dangerosité. Si le coronavirus Covid-19 connait des milliers de mutations souvent anodines, plusieurs variants sont déjà jugés «préoccupants» à l’échelle mondiale (comme l’Alpha, le Delta, le Gamma), «d’intérêt» – et sont donc suivis en conséquence –, ou simplement « placés sous surveillance». Le continent n’est pas non plus épargné par leur propagation.

Souvent plus contagieux, ils pourraient bouleverser encore davantage des systèmes de santé fragile, comme s’en est récemment ouverte la directrice Afrique de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), Matshidiso Moeti. Or, les nouvelles vagues de la pandémie devraient atteindre un plafond de manière plus soudaine, amplifiant les risques de saturation simultanée des hôpitaux, nous confirme le sénégalais Abdou Salam Gueye, directeur régional des opérations d’urgence de l’OMS en Afrique. Et les moyens manquent.

Jeune Afrique : Parmi les milliers de variants existants, plusieurs sont jugés plus ou moins dangereux et tracés sur le continent. Quelles sont les régions qui inquiètent le plus vos services ?

Abdou Salam Gueye : La situation en Afrique australe est toujours la plus inquiétante mais nous sommes également préoccupés par les évolutions du virus en Afrique de l’Est. Des pays comme l’Ouganda nous inquiètent particulièrement car tous les variants y sont présents. Nous constatons une augmentation constante du nombre de cas et de décès. Le système de santé se retrouve débordé. Des études laissent penser que certains variants comme le Delta et le Beta se transmettraient plus rapidement au vu de leur propagation. D’autres études, qui n’ont pas été confirmées, estiment que le Delta pourrait aussi engendrer des formes plus sévères. Nous avons par ailleurs constaté que le nombre de jeunes développant des formes symptomatiques augmente en parallèle de la progression du Delta mais il nous faudra essayer de trouver des explications et rester prudents car cette association n’est pas nécessairement causale.

Sachant que non seulement les tests mais aussi les séquençage restent rares dans certains pays, peut-on craindre un décalage important entre la proportion de variants identifiés et leur propagation réelle ?

À mon avis c’est très net, car on ne fait pas suffisamment de tests en Afrique et même lorsque les tests sont positifs, c’est exceptionnel qu’un séquençage soit fait. Cela demande un laboratoire voire un système logistique qui permette d’envoyer des tests pour vérifier les résultats. Traiter un nombre considérable de résultats demande également des notions de bio-informatique ainsi que les ressources humaines et matérielles adéquates.

Comment compenser le manque, voire l’absence, de technologies de séquençage de certains pays ?

Palier les différences d’une région à l’autre est très difficile. L’OMS peut acquérir du matériel pour les pays qui ne peuvent pas se l’offrir. Nous avons également mis en place des coopérations en identifiant par exemple un laboratoire qui peut servir trois pays et nous l’équipons en conséquence. Nous l’aidons à réaliser les prélèvements, à les transporter et à rendre ses résultats. Nos bureaux installés dans chaque pays travaillent main dans la main avec les laboratoires nationaux qui transmettent leurs échantillons. Il nous faut parfois utiliser des valises diplomatiques pour transférer du matériel ou des tests d’un pays à l’autre et réaliser le séquençage. Cela demande une logistique importante, du personnel et des fonds.

Disposez-vous du budget nécessaire pour aider à systématiser ces séquençages ?

Au niveau africain nous n’avons pas de ligne budgétaire pour renforcer le séquençage des tests de Covid-19. Nous avons rédigé un projet qui nécessite 15 milliards de dollars pour se faire dans les 47 pays que nous couvrons, mais nous n’avons pas trouvé de financement. L’OMS Afrique a donc ponctionné ses fonds propres, à hauteur de 3 millions de dollars pour l’instant, pour démarrer ce projet dans 14 pays d’Afrique australe. Mais les bailleurs traditionnels pourraient nous aider à développer ce projet. C’est très important : cela aiderait les pays dans leur prise de décision en matière de vaccins, car leur efficacité varie parfois en fonction des variants. Il en va de même pour les choix thérapeutiques qui peuvent être différents, toujours selon les variants, ou la mise en place de mesures de distanciation.

La distribution de vaccins peut-elle véritablement être adaptée à l’évolution des variants d’un pays à l’autre?

Ce n’est pas si simple car la répartition des vaccins est déjà planifiée et la vaccination est pour le moment utilisée pour prévenir les cas graves et les décès. Mais les variants montrent que l’humanité ne sera protégée que quand tout le monde sera protégé. Il me semble dangereux que des pays vaccinent des populations qui ne sont pas à risques, comme les adolescents et les enfants, cela pourrait produire une sélection de variants résistants aux anticorps du vaccin. La meilleure chose à faire est de distribuer équitablement ces vaccins dans le monde. L’immunité collective me semble être un terme galvaudé, l’objectif réel étant de protéger contre les formes graves et les décès.
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